Horná Seč leží vo východnej časti Podunajskej nížiny na ľavobrežnej nive Hrona. Stred obce má nadmorskú výšku 158 m n.m., chotár 158-159 m n.m. Rovinný odlesnený povrch chotára tvoria treťohorné uloženiny. Má lužné a nivné pôdy.
Zdroj: Vlastivedný slovník obcí na Slovensku, 1. časť