Malé Chyndice ležia vo východnej časti Žitavskej pahorkatiny v doline nepomenovaného potoka. Nadmorská výška v strede obce je 180 m n. m., v chotári 180 – 220 m n. m. Odlesnený pahorkatinný chotár tvoria mladotreťohorné íly a piesky, na povrchu spraš. Má černozemné a hnedozemné pôdy.
Zdroj: Vlastivedný slovník obcí na Slovensku, 2. časť