Stred obce sa nachádza v nadmorskej výške 130 m. n. m. a chotár 123-145 m. n. m. Mojzesovo leží v Podunajskej nížine, na ľavom brehu Nitry. Odlesnený rovinný chotár je na nive rieky a na vyšších, sprašou pokrytých terasách južného okraja Žitavskej pahorkatiny. Má nivné, lužné a černozemné pôdy.