Vysočany ležia v severovýchodnej časti sprašovej Nitrianskej pahorkatiny v bočnom údolí potoka Hydiny. Nadmorská výška v strede obce je 285 m n. m., v chotári 197-331 m n. m. Odlesnený, úvalinami rozčlenený povrch chotára tvoria staršie treťohorné pieskovce a ílovce a staršie druhohorné pestré kremence.
Zdroj: Vlastivedný slovník obcí na Slovensku 3. časť